《蟲蝕姬》的故事，是從以小說家爲目標的大學生田中愛在招募網站上認識的女性山口美羽做室友開始的。在一起生活的過程中，愛對美羽產生了不協調的感覺。另外在別的地方，發生了臉和指紋被執拗破壞的屍體被發現的事件，城市裡漂浮着不穩的空氣。